La cobertura en el departamento en cuanto al suministro de agua potable es del 32 por ciento del total de la población, es decir, que el 68% de los habitantes presentan riesgo que puede afectar su salud. 

Las acciones 2009 de inspección, vigilancia y control del Instituto Departamental de Salud de Nariño en los 64 municipios del departamento arrojaron que, de los 62 municipios en los cuales se tomaron muestras, 21 de ellos suministran agua apta para el consumo humano en las cabeceras municipales. Estos son: Albán, Aldana, Colón, El Contadero, Cuaspud, Cumbitara, Chachagüí, Güachucal, Imues, La Unión, Nariño, Ospina, Providencia, Puerres, Sandoná, San Pablo, San Pedro de Cartago, Túquerres, Yacuaquer, Ipiales y Pasto.

Las demás poblaciones presentan algún tipo de riesgo, según el análisis que se realizó  consistente en pruebas físicas, químicas y microbiológicas.

El único municipio que suministra agua apta para consumo humano, tanto en la zona urbana como en la rural, es el municipio de Sandoná. En esta localidad se analizaron 36 acueductos y 204 muestras que, consolidadas, reportaron un Índice de Riesgo de la Calidad de Agua (IRCA) de 1,56 lo que indicó que no existe riesgo para la salud.

La coordinadora del programa de Calidad de Agua, ingeniera Claudia García, enfatizó en la crítica situación de los municipios de la costa pacífica, como La Tola, Mosquera y Olaya Herrera que ni siquiera tienen acueducto a la zona urbana, así como algunos municipios de la cordillera como Policarpa y San Lorenzo, en los que el acceso al líquido es deficiente.    

Por su parte, la subdirectora de Salud Pública del Instituto Departamental de Salud de Nariño, Nohora Cecilia Espinosa, recalcó en el riesgo que para la salud de los habitantes existe el no consumir agua potable o hervida. La mala calidad del agua, figura entre las principales causas de epidemias y enfermedades intestinales.